本研究根据 GenBank 中报道的 PCV2 和 PCV3 毒株全基因组序列，设计两对特异性引物，建立了一种多重PCR鉴别诊断方法，两种病毒的预期扩增片段分别大小分别为1007 bp 和 505 bp。通过对扩增条件的优化，获得最佳的反应体系为25μL体系，最佳退火温度为56 ℃。该鉴别方法可以同时扩增 PCV3 和PCV2的特异性片段，而猪瘟病毒(CSFV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖障碍与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、猪乙型脑炎病毒（JEV）、轮状病毒（RV）、猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪德尔塔冠状病毒的基因组及阴性对照均未扩增出任何条带。该方法对PCV3和PCV2的最低检出量均为10 ng /μL。对采自湖北省内规模化猪场的260份淋巴结样品检测结果显示，PCV3阳性率为16.9% (44/260)，PCV2阳性率为46.5% (121/260)，PCV3和PCV2混合感染率为4.6% (12/260)，双重PCR检测与测序分析的符合率为100 %。结果表明，本研究建立了一种简便、灵敏、稳定可靠且特异性强的双重PCR鉴别诊断方法，可为临床样品中PCV3和PCV2的快速鉴别诊断及流行病学研究提供技术支持。