基于RNA-Seq 筛选新型鸭细小病毒感染鸭胚成纤维细胞的差异表达基因
崔元1 ,李晓轩2 ,孙继国3 ,袁万哲3
1. 河北农业大学动物医学院
Application of RNA-Seq Technology for Screening Differentially Expressed Genes in Duck Embryo Fibroblast Cells Affected by Duck Parvovirus 0416
摘要 为筛选鸭细小病毒（DPV）感染鸭胚成纤维（DEF）细胞后的差异表达基因，本研究利用DPV接种DEF细胞作为实验组，对照组加入相同体积的2% DMEM，培养至72 h后提取2组样品的总RNA，利用RNA-Seq技术筛选出DEF细胞感染DPV后的差异表达基因，并对其进行生物信息学GO功能分类和KEGG分析。结果显示，差异表达水平变化倍数（fold change, FC）在2倍以上的基因共有4073个，其中上调表达基因1904个，下调表达2169个。GO功能分析显示，这些基因主要涉及到炎症反应、免疫反应、蛋白结合、转运活动等功能。KEGG信号通路分析表明，这些差异表达基因参与细胞因子受体相互作用、新陈代谢、TNF、NF-κB、Jak-STAT、Toll样受体等信号通路。应用荧光定量PCR（Real-time FQ-PCR）验证部分差异表达基因的检测结果显示，差异基因的相对表达量与RNA-Seq技术测序结果基本一致，表明了RNA-Seq检测结果的可靠性。本研究为进一步研究DPV的致病作用及宿主抗病机制奠定了基础。
关键词 ：
收稿日期: 2018-04-16;
出版日期: 2018-05-15
通讯作者: 孙继国
E-mail: sunjiguo2000@aliyun.com
引用本文:
崔元,李晓轩,孙继国等. 基于RNA-Seq 筛选新型鸭细小病毒感染鸭胚成纤维细胞的差异表达基因[J]. 现代畜牧兽医, 2018, (05): 1-6.
CUI Yuan,LI Xiao-Xuan,SUN Ji-Guo et al. Application of RNA-Seq Technology for Screening Differentially Expressed Genes in Duck Embryo Fibroblast Cells Affected by Duck Parvovirus 0416[J]. , 2018, (05): 1-6.
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